Премия «Золотой орел» была учреждена 4 марта 2002 года на учредительном собрании Национальной академии кинематографических искусств и наук (президент Академии — В. Н. Наумов).

24 сентября 2002 года было принято решение о том, что основная церемония вручения кинопремии «Золотой орел», назначенная на 27 сентября 2002 года должна быть отменена в связи с трагическими событиями в Северной Осетии, когда Сергей Бодров и его съемочная группа погибли при сходе ледника в Кармадонском ущелье. По этой причине первая церемония награждения состоялась лишь 25 января 2003 года.

Фигурка приза «Золотой орел» изготовлена из позолоченной бронзы и помещена на яшмовый постамент. Ее автор - скульптор Виктор Митрошин.

Правом на выдвижение фильма или работы в фильме для участия в конкурсе на соискание премии обладают: действительные члены киноакадемии, профессиональные кинематографические гильдии, Комитет СК РФ по документальному и научно-популярному кино.

Конкурс на соискание премии «Золотой орел» по всем номинациям проводится в два тура. Победителем считается номинант, набравший большинство голосов членов секции, принявших участие в голосовании. Подсчет результатов голосования второго тура проводит счетная комиссия, формируемая из независимых экспертов с участием должностного лица киноакадемии, которое является секретарем счетной комиссии по должности.

Вначале составляются списки фильмов выпущенных за календарный год, затем группа «экспертов» вычеркивает из этих списков все то, что ей не нравится, и таким образом получает списки «рекомендованных» кандидатов в каждой из номинаций, после чего списки поступают на утверждение в президиум академии, который волен вычеркнуть из них или вписать обратно кого угодно и рассылаются для голосования 4500 членам СК России. Каждому из них предлагается назвать лучший фильм и лучшего представителя «своей» профессии.

Картины и работы, занявшие по итогам голосования несколько верхних мест в своих категориях (пять лучших фильмов и по три лучшие работы), объявляются номинантами премии. Для повторного голосования, которое выявляет победителей в каждой номинации, списки номинантов рассылаются только членам академии.

Чтобы попасть в номинацию, отечественный фильм должен быть всего лишь завершенным, зарубежный - пройти в прокате, для телевизионных фильмов и телесериалов (обычно это картины более шести серий) обязателен эфир.