Премия «Ника» была учреждена в 1987 году Секретариатом Союза кинематографистов СССР.

Основатель, художественный руководитель премии и неизменный ведущий церемонии — Юлий Гусман.

Статуэтка, созданная скульптором Сергеем Микульским, не сразу стала «Никой». Пробовали различные варианты названия, в шутку предлагали окрестить ее «Крылья Советов», но остановились на красивом мифологическом имени — Ника. Статуэтки «Ники» делаются вручную из бронзы, а затем покрываются позолотой.

Награда сначала присуждалась по итогам демократического голосования, в котором имели право принять участие все члены конфедерации Союза кинематографистов. С начала 90-х годов победители определяются путем тайного голосования членов Академии кинематографических искусств, в которую входят представители всех кинематографических специальностей, делегированные региональными отделениями.

Начиная с 2002 года, организаторы премии «Ника» конфликтуют с другой российской премией «Золотой Орел», также претендующей на статус общенациональной. «Ника» позаимствовала формат вручения у Оскара, в то время как «Золотой орел» может достаться фильму, еще не вышедшему в прокат, главное условие — иметь сертификат, удостоверяющий факт, что фильм снят.

В соответствии с действующим регламентом «Ники» автор имеет право официально отказаться от участия в конкурсе. В 2008 году киноакадемики получили такое письмо от режиссера Никиты Михалкова с просьбой не выдвигать картину «12» и фильм режиссера Владимира Хотиненко «1612» на соискание премии. Впрочем, Михалков не стал возражать против номинаций на «Нику» в двух категориях, не касающихся лично его, — «Лучшая музыка к фильму» и «Лучшая мужская роль». Режиссер Александр Сокуров также отозвал фильм «Александра» с «Ники» в номинациях «Лучший игровой фильм» и «Лучшая режиссура».

В 2008 году пост президента Киноакадемии покинул Эльдар Рязанов, а на смену ему пришел Алексей Баталов.